早期贲门癌大体形态与胃其他部位和食管的早期癌相似。可以简单分为三型，①凹陷型：癌瘤部粘膜呈不规则的轻度凹陷，有少数为浅溃疡，与周围正常粘膜分界不明确，镜下分化常较差；②隆起型：癌变部粘膜增厚粗糙，稍有隆起，部分表现为斑块、结节或息肉状，以高分化腺癌占多数；③隐伏型：病变部粘膜颜色略深，质地略粗，此外大体无明显改变，经组织学检查始确诊，是3型中比较最早的形态。
过去胃癌的组织发生学中，胃溃疡、胃息肉（腺瘤）及慢性萎缩性胃炎皆被认为是胃癌的癌前期病变。近年的研究发现上述几种情况发生癌变的机会很小。特别是在贲门部这三种情况比胃的其他部分更少发生。所以显然与贲门癌的组织发生关系不大。
目前比较被承认的观点是贲门癌起源于贲门腺的颈部干细胞，因有多方向分化的潜能，可以形成具有贲门或腺上皮特点的腺癌。多数贲门癌的光镜、电镜和组化研究发现是混合型，是该观点的有力支持，不典型增生是贲门癌的癌前病变，它也是在上述与贲门癌发病有关的溃疡、息肉、萎缩性胃炎共有的关键病理过程。当他们发生不典型增生的改变时才可能癌变，其中结肠型化生多数具有不典型增生的性质。
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